در حال حاضر بيش از 45 سال از تأسيس و موجوديت آزمايشگاه گياهپزشكي مي گذرد.

در سال 1350 اين آزمايشگاه از تغيير ساختار آزمايشگاه بررسي آفات چغندرقند كه واحدي تحقيقاتي در درون بنگاه توليد و اصلاح بذر چغندرقند سابق"موسسه تحقيقات، اصلاح و تهيه بذر چغندر" بود، بوجود آمد و به طور قانوني به موسسه تحقيقات آفات و بيماريهاي گياهي تحويل داده شد.

تا سال 1358 اين آزمايشگاه با دو نفر محقق و با لوازم و فضاي محدود و در داخل سه اطاق و با حداقل امكانات وظايف محوله از طرف مؤسسه متبوعه را انجام مي داد.

در سال 1366 ساخت آزمايشگاه جديد آغاز شد و در سال 1367 مورد بهره برداري قرار گرفت. سپس در سال 1372، گلخانه هاي تحقيقاتي آن نيز آماده بهره برداري گرديد. مساحت كل زمين واگذاري شده 6000 متر مربع و زيربناي آزمايشگاه و گلخانه هاي تحقيقاتي بيش از 11000 متر مربع مي باشد. گلخانه هاي تحقيقاتي مجهز به سيستم كنترل حرارت، رطوبت و نور مي باشد.

از سال 1383بر اساس تفاهم‌نامه با موسسه تحقيقات اصلاح و تهيه نهال و بذر سطحي معادل 16 هكتار زمين زراعي از ضلع شمالي مزرعه 500 هكتاري آن موسسه جدا و به عنوان بستر آزمايشي در اختيار موسسه گياه پزشكي و اين آزمايشگاه قرار گرفت و پروژه‌هاي تحقيقاتي متعددي در زمينه هاي گوناگون گياهپزشكي در آن انجام شده و يا در دست اجرا است. از سال 1393، سطح مزرعه آزمايشي، با توجه به نيازهاي تحقيقاتي موسسه اصلاح و تهيه نهال و بدر، به 10 هكتار كاهش يافت

آزمایشگاه تحقیقات بیماری‌های گیاهان
این آزمایشگاه در راستای اهداف موسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور در زمینه‌های اتيولوژي (سبب شناسي)، بيولوژي و اكولوژي عوامل بیماریزای گیاهی و اپيدميولوژي و مديريت تلفیقی بیماری‌های گیاهان فعالیت دارد.

همكاري با دانشگاه‌ها در راهنمايي و مشاوره پايان‌نامه‌هاي دانشجويي و تدوین و اجرای پروژه‌های تحقیقات مشترک با موسسات تحقیقاتی کشاورزی از جمله اهداف مهم این آزمایشگاه است. همچنین بررسی بیماری‌های گیاهی باغات و مزارع استان البرز و ارائه طریق با همکاری سازمان جهاد کشاورزی استان و همکاری با سازمان نظام مهندسی استان جهت آموزش بهره‌برداران و کارشناسان عرصه کشاورزی از افتخارات این آزمایشگاه می‌باشد.

آزمایشگاه اکوفیزیولوژی علف‌های هرز
فعالیت های این آزمایشگاه در ادامه و تکمیل تحقیقات مزرعه‌ای است. بطور مثال نمونه‌های علف‌های هرز در پروژه های تحقیقاتی بعد از انتقال از مزرعه به آزمایشگاه، ابتدا برحسب گونه تفکیک شده و بعد از شمارش و تعیین تراکم آن‌ها در واحد سطح برای اندازه گیری میزان ماده خشک در دستگاه آون قرار گرفته و پس از خشک شدن توزین می‌شوند. بر حسب نوع پروژه و اهداف آن فعالیت‌های نظیر اندازه گیری شاخص‌های فیزیولوژیکی مرتبط با گیاه زراعی و علف‌های هرز، تعیین قوه نامیه بذر، شکستن خواب بذر و ... نیز انجام می‌گیرد.

همکاری با سازمان جهاد کشاورزی استان  و سایر موسسات تحقیقاتی مستقر در استان و توصیه روش‌های مدیریت علف‌های هرز به بهره برداران بخش کشاورزی اعم از کارشناسان، باغداران و کشاورزان منطقه از سایر فعالیت‌های این آزمایشگاه می‌باشد.

آزمايشگاه تحقيقات حشره شناسي كشاورزي
-     شناسايي و معرفي تعدادي از آفات مهم محصولات زراعي، باغي و گلخانه اي
-     شناسايي ناقلين بيماري‌هاي ويروسي سبزي و صيفي
-     زيست سنجي آفات كليدي محصولات كشاورزي به آفت‌كش هاي جديد
-     پرورش آفات كليدي و برخي گونه هاي ديگر حشرات در آزمايشگاه و گلخانه
-     ارزيابي و ثبت حشره كش ها و كنه كش هاي جديد در مزارع، باغات و گلخانه
-     ارائه روش‌هاي نوين كنترل شيميايي در مديريت آفات
-     بهينه سازي مصرف سموم آفت كش و استفاده از حشره كش هاي ارگانيك
- تعامل با سازمان جهاد كشاورزي استان البرز در ترويج راهكارهاي جديد در مديريت آفات
-     همكاري با پژوهشگاه بيوتكنولو‍ژي ، موسسه تحقيقات فني و مهندسي ، موسسه تحقيقات اصلاح و تهيه نهال و بذر، و پژوهشكده باغباني در تدوين و اجراي پروژه هاي مشترك
-     همكاري در حل مشكلات گياهپزشكي موسسات تحقيقاتي مجاور و فضاي سبز مجتمع تحقيقاتي كشاورزي شهرکرد

        بررسی اکولوژی حشرات و تغييرات جمعيت آن‌ها متاثر از عوامل زنده و غيرزنده
     بررسی بیولوژی حشرات
     بررسي جنبه هاي مختلف مبارزه زراعي
    تحقيق در زمينة مديريت تلفيقي آفات، بيمارهاي گياهي و علف هاي هرز.
    بررسي و اصلاح پروپوزال‌هاي ارجاعي از كميته هاي محترم علمي موسسه.
    داوري گزارش‌هاي طرحهاي تحقيقاتي از مراكز تحقيقاتي ارسال شده توسط كميته هاي محترم علمي موسسه.
     انتشار نتايج تحقيقات انجام شده به صورت مقاله هاي علمي و تحقيقاتي
     تماس دايمي وتبادل اطلاعات علمي با مراجع مشابه علمي داخلي و بين المللي به منظور آگاهي از آخرين اطلاعات مربوطه.
     بررسی تاثیر سموم مختلف بر روی حشرات، قارچ‌هاي بيماريزا و علف هاي هرز محصولات مختلف و تایید کارایی آنها جهت ثبت سموم درخواستی شرکتها
    بررسی تاثیر فرومونهای مختلف تولید داخل و خارج کشور
     هدایت و مشاوره دانشجویان کارشناسی ارشد و دکترا
    هدایت دانشجویان کارشناسی در دوران کارآموزی
     تهیه دستورالعمل های مختلف جهت کنترل آفات، بيماري ها و علف‌هاي هرز محصولات باغی، زراعی و گلخانه ای
    ارایه راهکارهایی جهت کاهش مصرف سموم
    پاسخ به سئوالات فني درخواست شده از طرف افراد، سازمان‌ها و موسسات داخلي و خارجي.
    انجام ساير امور محوله